ولد زكريا لأب مصرى وأم تركيه الأصل التحق بالأزهر، ودرس فيه ثلاث عشرة سنة ،حفظ خلالها القرآن الكريم ودرس أحكام التجويد .شهد له الجميع باتقان التلاوة وعذوبة الصوت ،فاكتسب لقب الشيخ. أصبح مقرئاً للقرآن ،ومنشداً للسيرة النبوية ،فعهد به والده إلى الشيخ درويش الحريري أستاذ الموشحات ، ثم ألحقه ببطانة الشيخ علي محمود ،فأفاد منه طريقته في تلاوة القرآن وقراءة المولد ،كما استفاد منه في علم المقامات الموسيقية ،والموشحات الحلبية التي كان الشيخ علي محمود قد درسها على الشيخ عثمان الموصلي. تعرف زكريا أحمد بسيد درويش في 3 يناير 1916 ، وأخذه للقاهرة في سعي لتعريفه على جمهورها ، ولكن سيد غضب وعاد لأنه لم يأخذ مايستحقه ، ثم تلازما بعد استقرار سيد في القاهرة عام 1917. تعرف على أم كلثوم عام 1919 ،وكان بصحبة الشيخ أبي العلا في زيارة قرية السنبلاوين ، حيث استمع إلى الفتاة الصغيرة وهي تنشد بعض قصائد أبي العلا ، فأعجب بها إعجاباً شديداً ،وسعى هو والشيخ أبو العلا ، حتى أقنعا والدها وأخاها الشيخ خالد بالنزوح إلى القاهرة ، مجهداً نفسه في إقامة الحفلات لها منذ عام 1922 ، ليتعرف عليها جمهور القاهرة ، ولكنه لم يتصل بها ، عندما استقرت في القاهرة عام 1924 ، فقد كانت تعتمد على الشيخ أبي العلا ، ومحمد القصبجي ، و أحمد صبري التجريدي . بدأ التلحين عام 1924 ، ثم اتجه للتلحين للمسرح الغنائي منذ عام 1926 ، محققاً استمرار أسلوب سيد درويش في المسرح الغنائي ،وبخاصة في مجال التعبير عن المعاني ، إضافة إلى قدرته على تصوير المشاهد الجماعية على المسرح.بقي زكريا على اهتمامه بالمسرح الغنائي ثم تحول إلى الاهتمام بأم كلثوم بعد أفول نجم المسرح الغنائي، بسبب سيطرة السينما. بدأ التلحين لأم كلثوم منذ عام 1931 ، في مجال لأغاني المسجلة على الأسطوانات ، مبتدئاً بطقطوقة اللي حبك يا هناه ، التي حققت فتحاً جديداً في بناء هذا القالب التلحيني ، ومتابعاً أيضاً في مجال الأدوار ، التي أبدع في تلحينها لها ، ضمن سعي واضح للتجديد في إطار الأصالة. اتجه بعد ذلك لتلحين أغاني أفلام أم كلثوم ، قبل أن يشكل مع بيرم التونسي ثنائياً ، قدم لها مجموعة أغنيات لحفلاتها على المسرح . حقق هذا الثنائي أغنيات ناجحة ،قدمها في أسلوب تعبيري و تطريبي في آن واحد ، .استطاع بيرم أن يكتب النصوص ،التي تأقلمت مع متطلبات هذا الشكل التلحيني ، الذي ابتدعه زكريا متأثراً بمدرسة الغناء في القرن التاسع عشر. كان من أهم تلك الأغنيات :(حبيبي يسعد أوقاته ) ،( أنا في انتظارك ) ، و ( الآهات ) و( ألوله في الغرام) . في عام 1948 ، نشأ الخلاف بينه وبين أم كلثوم على حقوق الملحن والمؤلف الفنية ، لأن الشائع كان أن يشتري المغني اللحن والنص وتصبح الأغنية ملكا" خاصا" له ، وأقام الدعوى عليها وعلى الإذاعة في المحكمة.دام الخلاف بينهما 12 سنة أصيب زكريا خلالها وتحديداً في عام 1953 بالذبحة الصدرية الأولى ، فيما كانت قضيته مع أم كلثوم والإذاعة على أشدها. تم الصلح بين أم كلثوم وزكريا في المحكمة في بداية عام 1960 ، على يد القاضي عبد الغفار حسني رئيس محكمة القاهرة ، واتفقا على العودة للعمل من جديد ، فقدم لها (هو صحيح الهوى غلاّب) التي بنيت على نص لبيرم التونسي. ,وتوفي بعد مرور 40 يوماً فقط على وفاة بيرم التونسي صديق روحه.
